2006年5月29日农信银资金清算中心正式开业，这家由全国31个省级农村信用联社共同发起成立的机构的诞生，标志着全国农村合作金融系统有了自己的全国统一的资金清算平台和数据交换平台，而王耀辉正是这家对全国农村合作金融的发展具有积极意义的机构的当家人。

　　面对全国农村合作金融机构分散的多级法人治理结构所导致的数据集中难问题，王耀辉一直致力于通过打造一个全国统一的平台，通过科技的力量来提升农村合作金融系统的整体竞争力。

　　王耀辉和他所带领的团队开发的农信银资金清算系统，成功地实现了这一目标。农信银支付清算业务网络系统是根据全国农村合作金融系统核心业务和资金清算业务系统特点，借鉴现代化支付系统和其他商业银行资金清算及结算业务系统先进经验，而开发建设的一套覆盖全国的计算机综合业务网络信息处理系统。