2008年10月，总社下发《关于北京商业机械研究所和郑州棉麻工程技术设计研究所整合发展的意见》后，两所依托科研项目，强化人员技术交流协作，推进两所实质性整合发展。郑州所目前承担棉花加工行业部分技术管理职能，拥有国内唯一的棉花加工机械产品生产许可证审查部，该部直接受国家质量检验检疫总局全国工业产品生产许可证办公室领导，承担棉花加工机械产品许可证发（换）证及技术审查工作。郑州所是国家棉花加工标准化技术委员会副秘书长单位，负责全国棉花加工标准化技术委员会标准建设工作。目前两所在棉花加工调湿技术、棉花加工信息化技术和喷码标识技术等方面技术优势明显，逐步建立并完善科研产业运作模式。两所坚持市场化方向不动摇，深化体制机制改革，加大整合发展力度，千方百计壮大实力。