1950年3月，昆明市军管会接管旧政府的“云南省合作事业管理处”及其财产。5月，成立“云南省合作总社筹备处”，即以昆明为重点整顿和建立消费、手工业、汽车运输等合作社。12月11日，按照西南第一次合作社工作会议精神，下发《关于有重点的组织农村合作社的指示》，开始在昆明市的官渡区，宜良、玉溪、曲靖等县农村试办供销合作社。12月20日，省人民政府通知，省合作总社筹备处改为昆明市合作总社，划归昆明市政府领导。

    1951年3月，经省人民政府同意，成立省人民政府合作事业指导处，负责全省合作事业的发展工作。

    1952年10月，省合作事业指导处撤销，成立云南省合作社联合社筹委会。

    1954年7月，召开全省第一届合作社社员代表大会，正式成立云南省合作社联合社，选举产生了理事会（19人）、监事会（9人）。11月，根据国营商业和供销合作社实行城乡分工的原则以及中华全国供销合作总社的指示，云南省合作社联合社更名为云南省供销合作社。主要任务是为农村社员群众的生产和生活服务，同时对农村私营商业进行社会主义改造。

    1958年2月在昆明召开第二届全省社员代表大会。出席会议的代表315人，其中农民代表28人。

    1958年8月至1961年7月，由于省供销合作社与国营商业合并，全省各级供销合作社均未召开社员代表大会。

    1962年-1966年恢复供销合作社后，基层供销合作社和县（市）联社大多召开了1-3次社员代表大会。

    1982年后恢复供销合作社集体经济属性，基层供销合作社和县（市）联社恢复民主管理和社员当家做主的权利。但全省社员代表大会则由于体制多变未能召开。

    1988年11月，经省人民政府批准，成立云南省供销合作社联合社。

    1989年3月召开全省第三届社员代表大会。根据社章规定，第三届第一次社务委员会选举产生了社务委员会领导成员。云南省供销合作社联合社正式成立至今。

    2018年6月，时隔29年，全省第四次代表大会召开。大会修改完善《云南省供销合作社联合社章程》，根据章程选举产生省供销合作社联合社第四届理事会、监事会。