关于《肥料登记管理办法》的存废问题，我个人认为从法理的角度看应当予以废止。

　　其一、违反《农业法》的相关规定。2000年6月农业部发布的《肥料登记管理办法》，其中有“根据《中华人民共和国农业法》等法律法规，制定本办法”的条款，但在1993年7月起实施的《中华人民共和国农业法》中没有任何关于肥料登记方面的规定；2003年3月实施的经全国人大常委会修改过的《农业法》第二十五条明确规定：“农药、兽药、饲料和饲料添加剂、肥料、种子、农业机械等可能危害人畜安全的农业生产资料的生产经营，依照相关法律、行政法规的规定实行登记或者许可制度”，即肥料登记办法要生效，必须要依照全国人大或人大常委会以及国务院制定的规范性法律文件。

　　其二、违反行《行政许可法》的规定。《行政许可法》没有赋予部门规章行政许可的设定权，规章只能在上位法设定的行政许可范围内，对实施该行政许可做出具体规定。另外，《行政许可法》中也规定“行政许可的收费要有法律、行政法规规定”，但肥料登记的收费显然没有依据的，也是违法的。

　　其三、违反《工业产品生产许可证管理条例》。“任何企业未取得生产许可证不得生产列入目录的产品。任何单位和个人不得销售或者在经营活动中使用未取得生产许可证的列入目录的产品。”只要企业生产的肥料获得了生产许可证，说明已经符合国家的标准和质量，自然就可以生产和销售。肥料登记管理办法以肥料未登记就不得销售的规定是对生产许可证效率的否定，直接与生产许可证条例相抵触。