昆明食用菌研究所在食用菌资源研究和开发利用、野生食用菌保鲜加工和标准化技术研究方面处于国内领先地位。该所野生食用菌保育促繁新模式，开拓了野生食用菌资源保护新途径；创建的野生食用菌加工技术体系，为产业化发展提供技术支撑；制定了有关标准体系和制度，其中主持制（修）定食用菌国家标准13项、行业标准1项、地方标准1项，还制定各类企业标准40多项。全所在研科研项目21项，其中新立项目6项，国家级项目2项、省级项目4项。研究所在昆明市高新技术开发区建有占地14亩的食用菌科技示范园区，注册成立了“云南菌苑科技有限公司”和“昆明菌苑食品有限公司”两个科技企业，开展了食用菌菌种和保鲜、速冻、熟制品技术成果转化和示范，强化了全所科研成果转化。建立于1982年的研究所食用菌标本馆，是我国目前保藏量最大、种类最丰富的食用菌标本馆，藏有标本9100多份。

　　该所把建设“一所一中心一集团”作为今后的发展目标。一所为昆明食用菌研究所，主要进行应用研究和产业技术创新；一中心为国家食用菌工程中心，主要解决产业发展中的工程技术问题；一集团为食用菌集团公司，主要进行科技成果产业化示范和为“三农”服务。通过发展，昆明所将建设成能支撑引领全国食用菌产业发展，在国内外有影响力、竞争力的先进科研院所。