伴随着金融市场的快速发展、信息技术的日益进步和支付服务分工的不断细化，我国支付服务市场中逐渐兴起了从事支付清算服务的专业机构，即支付清算组织。这些支付清算组织面向终端客户（即单位和个人）提供银行卡、银行汇票等专项资金清算服务，方便了终端用户的支付活动，完善了支付服务市场结构，促进了零售支付业务的快速发展。这类非金融机构性质的支付清算组织在调整支付服务市场结构、增强市场竞争、优化资源配置、提高支付服务质量等方面发挥了积极作用。

　　支付清算组织的发展有以下几个特点：

　　一是服务领域比较广泛，涉及通过票据、银行卡、电子支付等多种支付工具处理的支付业务。

　　二是服务对象的数量逐年上升，业务量增长迅速。

　　三是业务运作模式多样化。既有支付清算服务专营机构，也有跨行业提供支付清算服务的混业经营机构；既有接受服务对象交易备付金的服务模式，也有纯粹提供交易信息处理的服务模式；既有同城范围内提供服务的模式，也有跨区域甚至在全国范围内提供服务的模式。

　　目前，经中国人民银行批准从事支付清算服务的机构主要有：中国银联、城市商业银行资金清算中心、农信银资金清算中心等。

　　中国银联成立于2002年3月，是由80多家国内金融机构共同发起设立的股份制非金融机构，主要运营全国的银行卡跨行信息交换网络系统，提供银行卡跨行信息交换专业化服务，并与大额支付系统实现连接，由中国人民银行实施最终结算。   

　　城市商业银行资金清算中心成立于2002年10月， 是由113家城市商业银行发起成立的会员制事业法人，是国内第一家解决多法人制银行机构银行汇票结算的清算组织。建设并运行了“城市商业银行银行汇票业务处理系统”，依托大额支付系统实现银行汇票业务的实时清算，主要经营城市商业银行等中小金融机构的银行汇票资金清算业务。

　　农信银资金清算中心是经中国人民银行批准，由全国30家省级农村合作金融机构（含农村商业银行，下同）及深圳农村商业银行共同发起成立的全国性股份制支付清算服务企业。农信银资金清算中心自成立以来，运用国内外先进的技术和设备，积极开发建设适应农村金融特点的资金清算系统——农信银支付清算系统，使全国农村合作金融机构近8万家机构网点具备了与全国性商业银行相同的异地支付结算手段和条件，覆盖了其他银行所辐射不到的地区和人群，对提升全国农村合作金融机构整体市场竞争力及服务“三农”水平产生了重要影响。

　　在此基础上，农信银资金清算中心还根据全国农村合作金融机构业务发展需要，开发建设了农信银共享电子商业汇票系统、农信银共享网上银行系统、农信银网上支付跨行清算系统、农信银共享异地灾备系统、农信通自助金融服务业务系统、农信银共享手机银行系统等一系列共建共享系统，为全国农村合作金融机构业务发展、产品创新创造了必要条件，为服务“三农”、支持社会主义新农村建设，发挥了积极的促进作用。

　　截至2011年末，全国农村合作金融机构近8万家机构网点通过农信银支付清算系统累计办理的各类支付结算业务量突破1亿笔，清算资金超过3万亿元。