1995年，中央5号文件提出“一个基础，两条线”的工作思路和重点。　　

　　1997年，总社切实把扭亏增盈和清理整顿社员股金、防范和化解金融风险放在突出位置。　　

　　1999年国务院出台了《关于解决当前供销合作社几个突出问题的意见》。　　

　　2000年底，全系统一举扭亏为盈，80%以上的违规社员股金予以平稳清退。　

　　2002年总社坚持“三个转换”，提出“四项改造”。　　

　　2007年以中央1号文件为指导，总社加快建设新农村现代流通网络，即“新网工程”，突出了为农服务的主要手段，充分利用和加快整合供销合作社的现有资源，实现了低成本的快速扩张。　　

　　2008年，总社召开了全系统第一次企业工作会议，确定今后一个时期社有企业改革发展的目标和任务，提出着力培养一批骨干企业和企业集团，提升企业的实力、活力和市场竞争力。　　　　

　　2009年国务院出台《关于加快供销合作社改革发展的若干意见》（国发[2009]40号）。

　　截至2010年底，全系统一个季度的销售额相当于五年前全年的销售额，近三年增加的所有者权益相当于过去60年积累的一半，经济效益大幅提升。

　　2010年，全系统汇总利润172亿元，比2007年增长70%；企业发展的政策环境明显优化，中央财政“新网工程”专项资金由2007年的3.5亿元增加到目前的10亿元，农业综合开发项目资金由2009年的0.4亿元增加到1.4亿元。

　　截至2010年末，全系统县及县以上各级供销合作社机关2743个，现有在职职工196.58万人，近两年每年增长约20万人，全系统基层社21602个，村级综合服务社21.97万个，覆盖全国1/3以上的行政村、庄稼医院、农产品协会等基层服务网点，覆盖范围更广。